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En 1984 el reglamento interior de la Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social contempló la aparición de otras unidades administrativas para apoyar el cumplimiento de las atribuciones de la Secretaría, por lo que se crearon como órganos staff de la misma, la Unidad de Apoyo Administrativo.
En 1990 la Unidad de Apoyo Administrativo cambió su denominación por Coordinación Administrativa.
En 1995, y como parte del proceso de reestructuración de los órganos staff, se realizaron los siguientes cambios: se separó de la Coordinación Administrativa la función de planeación, dando origen a la Unidad de Planeación y Evaluación.
Un cambio importante que tuvo lugar en 1997 fue la creación de dos Subsecretarías, una de Educación Básica y Normal y la otra de Educación Media Superior y Superior. Este nivel estructural fue de fundamental importancia para la Secretaría, dado que apoyó al Secretario en la atención de funciones encomendadas a dependencias y organismos con ámbitos de competencia bien definidos, que por su naturaleza debían acordar directamente con él. De esta forma, el tramo de control del primer nivel se redujo y mejoró su eficiencia operativa.
El 11 de enero de 2001, con la emisión del nuevo Reglamento Interior de esta dependencia en la Gaceta del Gobierno del Estado de México, se dio la creación de la Subsecretaría de Planeación y Administración.
En agosto de 2006 la Secretaría de Finanzas autorizó a la Secretaría de Educación una reestructuración administrativa, la cual consistió en crear la Coordinación de Atención a Grupos Sociales y Estrategia Educativa y el cambio de denominación de la Unidad de Calidad y Simplificación Administrativa por Unidad de Desarrollo Administrativo e Informática, y su estructura quedó conformada por 70 unidades administrativas (una Secretaría, cuatro Unidades Staff de Secretaría, tres Subsecretarías, cuatro Unidades Staff de Subsecretaría, seis Direcciones Generales, cuatro Direcciones de Área, cinco Subdirecciones, 41 Departamentos y dos Delegaciones Administrativas).
Con fundamento en el Artículo 7 fracción XXVII del Reglamento Interior de la Secretaría de Finanzas, se aprueba la Estructura de Organización, de la Secretaría de Educación, la cual queda registrada y resguardada en la Dirección General de Innovación, con autorización No.2034a-0329/2019, de fecha 31 de enero de 2019, en la cual cambia la denominación de la Subsecretaria de Planeación y Administración por Subsecretaría de Administración y Finanzas, se crea la Coordinación de Delegaciones Administrativas y la Delegación Administrativa del Subsistema de Educación Superior y Normal y cambian de denominación las dos delegaciones que existían a Delegación Administrativa del Subsistema de Educación Básica y Delegación Administrativa del Subsistema de Educación Media.
Con autorización No. 20706000l-0286/2021, de fecha 23 de febrero de 2021, se lleva a cabo una modificación en la Codificación de las Unidades Administrativas de las Dependencias y Organismos Auxiliares de la Administración Pública Estatal.
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